המקדש נבנה במקור כ-15 קילומטרים דרומה מאסואן, בדרום מצרים. בתחילת המאה השנייה לפני הספירה, החל אדיקלאמאני, המלך הכושי של מרואה, בבניית חדר תפילה קטן המוקדש לאל אמון. מאוחר יותר, בימי שושלת תלמי, הורחב חדר התפילה בכל צדדיו לכדי מקדש בגודל 12X15 מטרים, שהוקדש לאלה איזיס. הקיסרים הרומאים אוגוסטוס וטיבריוס השלימו את קישוט המקדש.
ההגעה למקדש התבצעה באמצעות דרך גישה ארוכה עד לקיר האבן החיצוני ודרך שלושה פילוני אבן, עד למקדש עצמו. היכל הכניסה למקדש שכלל ארבעה עמודים, התמוטט ב-1868 וגורלו אינו ידוע. מאחורי היכל הכניסה נמצאו אולם הקודש עצמו, חדר העלאת קורבנות ואולם קודש נוסף שהכיל מספר חדרים צדדיים ומדרגות שהובילו לגג המקדש.
ב-1960, בעקבות תחילת בנייתו של סכר אסואן והסכנה שנשקפה לאתרים ארכאולוגיים באזור, ביקשה אונסק"ו עזרה בינלאומית בהצלת המורשת ההיסטורית העשירה. כאות הוקרת תודה לספרד על סיועה בהצלת מקדשי אבו סימבל, תרמה מצרים את מקדש דבוד לספרד ב-1968.
המקדש נבנה מחדש בפארק ציבורי במדריד, בסמוך לארמון המלכותי, ונפתח לציבור ב-1972. מקדש דבוד הוא אחד מדוגמאות ספורות של אדריכלות מצרים העתיקה שמוצגות מחוץ למצרים והוא יחיד מסוגו בספרד.