כנסיית סנט מרגרט (אנגלית: Church of St. Margaret) היא כנסייה אנגליקנית נמצאת בשטח מנזר וסטמינסטר, והיא הכנסייה הקהילתית (Parish Church) של שני בתי הפרלמנט של בריטניה. הכנסייה מוקדשת למרגרט הקדושה, המקובלת בכנסייה הקתולית ובכנסייה האנגליקנית.
הכנסייה נוסדה במאה ה-12 בידי נזירים בנדיקטינים. הקמת הכנסייה נעשתה בהמשך להקמתו של מנזר וסטמינסטר הסמוך, שנוסד באמצע המאה ה-11 על ידי המלך אדוארד המוודה, כמנזר בנדיקטיני. המנזר היה אמור להיות מרכזם של הנזירים הבנדיקטיניים: הם היו מתכנסים במנזר כמה פעמים ביום, על פי הסדרים שקבע מייסד המסדר, בנדיקטוס הקדוש. כל התכנסות נועדה לפולחן האל, בשירת "החובה האלוהית" (Divine Office); זו הייתה המשימה העיקרית בחייהם של הנזירים, ולכן נקראה אוֹפּוּס דֵיי (Opus Dei) - עבודת האל. אסור היה שדבר יפריע להם למלא חובה מרכזית זו. ואולם, התושבים באזור וסטמינסטר הגיעו למנזר כדי להשתתף בטקס המיסה; כדי שהנזירים יוכלו להמשיך את סדרי הפולחן שלהם, נבנתה כנסייה קטנה יותר ליד המנזר. כנסייה זו נועדה לספק לתושבים את הסקרמנטים ושאר הסעד הכנסייתי, וכך איפשרה לנזירים פולחן לא מופרע. הכנסייה הוקדשה למרגרט הקדושה, שפולחנה היה נפוץ באותה תקופה.
נראה שכנסיית סנט מרגרט הראשונה נבנתה בחלק האחרון של המאה ה-11, אך התאריך המדויק אינו ידוע. נזירי וסטמינסטר היו הכמרים ששירתו וניהלו את הכנסייה, והקשר הקרוב בין שני המוסדות הכנסיתיים הללו נשמר במשך מאות שנים. הכנסייה הראשונה נבנתה בסגנון רומנסקי. כנסייה זו שרדה עד ימיו של המלך אדווארד השלישי (1327 - 1377), ואז הוחלפה הספינה ובמקומה נבנתה ספינה חדשה בסגנון גותי ניצב, סגנון שהיה בשיאו באותה תקופה. האפסיס ואזור בית המקהלה היו עדיין במצב טוב. במשך השנים הידרדר מצב הכנסייה, ולקראת סוף המאה ה-15 כבר היה צורך בבנייה מלאה מחדש. ב1482 הוחל בבנייה מחדש של הכנסייה, בנייה שנמשכה כארבעים שנה; וב-9 באפריל 1523 הוקדשה הכנסייה מחדש.
ב1614 הפכה הכנסייה לכנסייה הקהילתית של ארמון וסטמינסטר. מעמד זה של הכנסייה נקבע בעקבות החלטתם של הפוריטנים, שהיו זרם משמעותי בחיים הדתיים של אנגליה באותה תקופה. הם מאסו במנזר וסטמינסטר המפואר מדי לטעמם, ורצו בכנסיית סנט מרגרט המתאימה להם יותא. מנהג זה נמשך עד היום.
בין 1734 ל-1738 נבנה בפינה הצפון-מערבית של הכנסייה מגדל, ובמקביל צופה המבנה כולה באבן פורטלנד. מאוחר יותר נוספו למבנה מבואות ממזרח וממערב. ב-1877 שופץ בצורה יסודית פנים הכנסייה, אך נותרו בה מרכיבים רבים מן המאה ה-15.
פרט בולט בכנסייה הוא חלון הויטראז' המזרחי, שנבנה ב1509, ועשוי מזכוכית פלמית. החלון נבנה לכבוד אירוסי קתרינה, נסיכת אראגון, עם ארתור טיודור, בנו הבכור של מלך אנגליה, הנרי השביעי ואחיו הגדול של המלך הנרי השמיני. חלונות אחרים בכנסייה הם לזכר ויליאם קאקסטון (Caxton), המדפיס הראשון בבריטניה, שנקבר בכנסייה ב1491, סר וולטר ראלי, שהוצא להורג ב1618 ונקבר בכנסייה, והמשורר ג'ון מילטון, שהיה ממתפללי הכנסייה. מבנה הכנסייה שהושלם ב-1523 שוקם שוב ושוב, במאות ה18, ה19 וה20, אך המבנה הקיים הוא בעיקרו אותו מבנה שנבנה שהושלם ב-1523.
הכנסייה הייתה אתר מבוקש לעריכת חתונות של החברה הגבוהה, וביניהם וינסטון צ'רצ'יל. ב1987 הוכרז מתחם וסטמינסטר - מנזר וסטמינסטר, ארמון וסטמינסטר וכנסיית סנט מרגרט - כאתר מורשת עולמית של אונסק"ו.