המוזיאון הזואולוגי של אוניברסיטת מוסקבה (רוסית: Зоологический музей Московского государственного университета) הוא מוזיאון לזואולוגיה הממוקם במוסקבה, בירת רוסיה, השני בגודלו ברוסיה (אחרי המוזיאון לזואולוגיה של המכון הזואולוגי של האקדמיה הרוסית למדעים הממוקם בסנקט פטרבורג) וה-12 בגודלו בעולם.
המוזיאון הוקם בשנת 1791 כמוזיאון להיסטוריה של הטבע. בין השנים 1806–1807 קוטלגו אוספי המוזיאון על ידי יוהאן פישר פון ולדהיים, מנהל המוזיאון באותה עת. בשנות ה-20 של המאה ה-19 הופרדו האוספים הזואולוגיים מיתר אוספי המוזיאון, וקטלוג נפרד של אוספים אלה פורסם בשנת 1822.
בשנת 1861 הפך אוסף הזואולוגיה למוזיאון אוניברסיטאי עצמאי. האוסף נפתח לציבור הרחב בשנת 1866 (קודם לכן שימש חוקרים בלבד).
בין השנים 1898-1902 הוקם המבנה הנוכחי המשמש את המוזיאון. בשנת 1930, עם יסוד הפקולטה לביולוגיה באוניברסיטת מוסקבה הפך המוזיאון לחלק מהאוניברסיטה.
