המוזיאון הארכאולוגי הלאומי (אנגלית National Museum of Archaeology) הוא מוזיאון לארכאולוגיה השוכן ברחוב הרפובליקה, רחובה הראשי של ולטה, בירת מלטה. המוזיאון שוכן בבניין ההיסטורי אשר שימש כ"אכסניית פרובאנס" (Auberge de Provence), והוא מופעל על ידי "מורשת מלטה".
המבנה נבנה על ידי האבירים ההוספיטלרים ב-1571, וסביר שתוכנן על ידי האדריכל ג'רולאמו קסאר (Gerolamo Cassar). הוא הוקם בסגנון הבארוק, וחזיתו משלבת יסודות מנייריסטים. ההוספיטלרים הקימו אכסניות נפרדות לאבירים בני הלאומים השונים שהיו חברים במסדר, ואשר כונו באופן מסורתי בשם "לשונות" (langues). שמונה הלשונות היו צרפת, אנגליה, גרמניה, אוברן, פרובאנס, אראגון, איטליה וקסטיליה. כל אכסנייה הוקמה בחלק אחר של העיר, בקרבת קטע החומה שעליו הופקדו האבירים שהתגוררו בה, והיא שימשה אבירים בני הלשון שלא היה להם בית משלהם באי, וכן נוסעים בעלי מעמד. בעת השלטון הבריטי במלטה, שימש המבנה כקסרקטין וכבית מלון, וב-1955 הוא יועד לשמש כמשכן למוזיאון. המוזיאון הארכאולוגי נחנך באופן רשמי ב-1958, ובשנותיו הראשונות כלל גם אוסף של אמנות יפה. בשל מצוקת המקום, הופרד אוסף זה מהאוסף הארכאולוגי ב-1974, והוקם המוזיאון הלאומי לאמנות יפה. ב-1996 נסגר המוזיאון למשך שנתיים לשם עריכת שיפוץ מקיף, ונפתח לקהל מחדש ב-1998.
המוזיאון מציג ממצאים ארכאולוגיים מתקופת האבן החדשה, החל מהגעת האדם אל איי מלטה ב-5200 לפנה"ס, ועד סוף תקופת תרבות בוני המקדשים שפרחה באיים בין 3600 ל-2500 לפנה"ס, ואשר הקימה את המקדשים המגליטיים ברחבי הארכיפלג ואת ההיפוגאום של חל-ספליני. המוצגים הידועים כוללים את פסל "האשה הנמה" מחל-ספליני, פסל "ונוס ממלטה" ממקדש חג'ר אים והמזבח הגדול ממקדש טרשין. בהווה נערכות עבודות בקומה השנייה של המבנה, שנועדו להכשיר אולמות תצוגה לתקופות מאוחרות יותר, החל בתקופת הברונזה וכלה בתקופה הביזנטית. עוד מוצגות במוזיאון תערוכות מתחלפות, ופועלים בו אודיטוריום, חנות וספרייה.