מצודת בחריין (ערבית قلعة البحرين - "קלעת אלבחרין") היא אתר ארכאולוגי בצפונו של האי בחריין השוכן בסמוך לחוף המפרץ הפרסי ממערב לבירה מנאמה. האתר הוא תל בגובה של 11.2 מטר ובשטח של 17.5 הקטאר; אורכו 600 מטר ורוחבו 300 מטר. בשנת 2005 הוכרזה המצודה כאתר מורשת עולמית. שטח ההכרזה הורחב באופן משמעותי אל תוך הים בשנת 2008, לאחר שהתגלתו בסמוך למצודה תעלה תת-ימית ומגדל. ההרחבה נדרשה גם כדי למנוע את הקמתו של אי מלאכותי בשטח של 600 הקטאר במרחק של 500 מטר מול חופי המצודה, וכן נמל דייגים וכביש מהיר.
התל יושב באופן רציף החל מהקמתו בשנת 2300 לפנה"ס לערך ועד למאה ה-17. החלק העתיק ביותר במצודה שוכן בפינתו הצפונית של האתר, בקרבת חוף הים, וכולל שרידי בתים ששימשו ככל הנראה למגורים. באותה עת הוקמה סביב האתר חומת אבן אשר שימשה להגנתו, וקטע ממנה באורך של 46 מטר השתמר עד היום. מתקופה זו התגלה גם רחוב ברוחב של 12 מטר, ומשני צדדיו בתים גדולים שחלקם שימשו ככל הנראה כארמונות. מאוחר יותר, בשנת 1450 לפנה"ס לערך, היינו בתקופת הברונזה האמצעית, הוקמה חומה נוספת במקום, ויכול שחלק ממנה היה חידושה והעצמתה של החומה הקודמת. בתי האתר הוגדלו ושונו, ושימשו כמגוריו של המושל מטעם תרבות הקסיט ששלטה בתל. בתקופת הברזל, מהמאה ה-11 לפנה"ס עד המאה ה-5 לפנה"ס, שימש המקום כבירת תרבות דילמון. תרבות זו הייתה ידועה רק ממקורות שומרים, עד שנערכו החפירות במקום, והממצאים בתל הם החשובים ביותר שנתגלו אודותיה עד כה. גם תרבות דילמון הקימה חומה חדשה על בסיס החומה הקיימת במקום, וחלק ממנה מגיע כיום עד לגובה של 4.5 מטר. מתקופה זו התגלו שרידיו של מקדש שלו שני עמודים, ומספר בתי מגורים יוקרתיים שבהם הותקנה מערכת ביוב מתקדמת. מתחת לבתים אלה התגלו מספר קברים ובהם סרקופגים. בסביבות המאה ה-3 לפנה"ס, נבנה חלקו המרכזי של התל באופן מקיף, אך בשל הרס מאוחר יותר באזור זה, קשה לעמוד בבירור על אופיים של בתים אלה. מצודה גדולה ורבועה שאורך כל אחד מצלעותיה מגיע ל-51.5 מטר התגלתה בצידו הצפוני של האתר, וזו מתוארכת בסבירות רבה למאה ה-3, על בסיס ההשפעות הסאסאניות הניכרות בה. המצודה הייתה בשימוש עד למאה ה-5 ואז ננטשה.
במאה ה-13 שוב אויישה המצודה. היא נבנתה מחדש ושימשה לצרכים מסחריים. מתקופה זו השתמרו שמונה מחדריו של המבנה. במרכזו של התל התגלו שתי שכבות נוספות - האחת מהמאה ה-14, היינו מאמצע התקופה המוסלמית, מתאפיינת בבנייה צפופה, ונראה כי שמשה כשוק או כחאן; והאחרת מהמאה ה-15 שבה בעיקר בנייה צנועה בהיקפה. מהמאה ה-16 שימש התל בעיקר כמוצב צבאי, והמצודה הארוכה ששכנה בו, חלשה עליו והעניקה לו את שמו הנוכחי. ראשיתה של המצודה בתחילת המאה ה-15 כאשר מבנה מבוצר פשוט הוקם על התל. ב-1529 הורחבה המצודה באופן ניכר, היא הותאמה להצבת תותחים וחפיר נחפר סביבה. החל מ-1561, כאשר בחריין באה תחת שלטון האימפריה הפורטוגזית, קיבלה המצודה את צורתה הנוכחית. מגדלי שמירה בסגנון ג'נובה נוספו בפינותיה והחפיר הורחב. במאה ה-17 הוגבלה הגישה אל המצודה מכיוון הים כאשר התעלה בשונית האלמוגים המוליכה אליה נחסמה כמעט לחלוטין, ורק סירות קטנות יכלו להגיע עד למצודה בזמן הגאות. מסיבה זו ננטשה המצודה לבסוף לאחר כ-4000 שנות יישוב אנושי רצוף.
האתר נחקר מ-1954 עד 1970 בידי משלחת דנית ולאחר מכן, מ-1978 ועד שנת 1987, על ידי שתי משלחות צרפתיות. כרבע משטח התל נחקר עד כה ונחשפו שכבות רבות של אזורי מגורים ומרחבים ציבוריים ששימשו למסחר, לפולחן ולצרכים צבאיים. צילומי אוויר שנערכו בשנות ה-80 של המאה ה-20 חשפו תעלה תת-ימית ברוחב של 15 עד 90 מטרים ובאורך של 1.8 ק"מ מהחוף. התעלה שימשה כעורק תנועה לתחבורה הימית שהפליגה אל המצודה וממנה, והיא נחפרה בשונית האלמוגים שעל קרקעית הים. עוד התגלה בלב ים מגדל רבוע בן שתי קומות אשר שימש ככל הנראה כמעין מגדלור אשר הנחה כלי שיט אל התעלה. המגדל הבולט מעט מעל פני המים (בהתאם לגאות), שוכן סמוך לכניסה אל התעלה התת-ימית.
