המערה הכחולה (מלטית Taht il-Hnejja - "מערת הקשת"; אנגלית The Blue Grotto) היא מערכת של שש מערות טבעיות, המכונה על שמה של הגדולה שבהן. המערכת שוכנת בצוקים שבחופו הדרומי של האי מלטה. גובה הקשת הטבעית בכניסה למערה המרכזית הוא כ-45 מטרים.
האתר ידוע בשלל צבעי מי הים המשתקפים כתוצאה מהחזרת קרני השמש בשעות הבוקר, והמושפעים ממיקומה של המערה, מהצבעים הזוהרים המוחזרים על ידי הצמחייה התת-ימית ומהמינרלים שעל קרעית הים. שמה של המערה באנגלית הוענק לה על ידי חייל בריטי אשר מצא דמיון בינה ובין המערה הכחולה באי קפרי שבאיטליה. הגישה אל המערות עצמן אפשרית רק באמצעות סירות.
