מנזר קלוני הוא מנזר עתיק במחוז סון ולואר בחבל בורגון שבמזרח צרפת, כ-20 ק"מ מצפון-מערב למקון. המנזר היה אחד המנזרים החשובים ביותר באירופה של ימי הביניים, ובו התפתחה רפורמת קלוני. סביב המנזר התפתח יישוב עירוני, הקרוי גם הוא קלוני.
המנזר הוקם בשנת 910 כמנזר בנדיקטיני, חולל רפורמה דתית במערב אירופה (רפורמת קלוני) והיווה בסיס לרשת מנזרים גדולה שדעכה עם השנים וכמעט נעלמה.
בשנת 910, גיום הראשון, דוכס אקיטן (מוכר גם כגיום החסיד), החליט להעניק אחת מאחוזותיו, ולא מהחשובות שבהן, לשם הקמת מנזר (על נסיבות וסיבות הענקת המנזר ראו בערך על גיום). גיום היה "קומס" עשיר בעל בנום (bannum) ורגולה (Regula), כלומר היה שליט מקומי בעל סמכויות ענישה וכפיית ציות. סמכותו באקיטן הייתה משולה לסמכות שליט עליון. מטרתו של גיום בהענקת האדמות הייתה לדאוג לנשמתו לכשיגיע זמנו להישפט האם לגן עדן או לגיהנום. בתמורה למתנה דרש גיום שהנזירים יתפללו לעילוי נשמתו ונשמת אשתו, וכן לעילוי נשמת קרוביו (אחותו, שממנה ירש את האחוזה, אחיו, אחיותיו וכל אחייניו ואחיניותיו). גיום הבטיח למנזר אימוניטס מפני התערבות מצד הכנסייה או שליט חילוני. הדרישה לתפילות כה רבות עירערה את האיזון שהיה נהוג במנזרים בין תפילות ועבודה לשם קיום. התפילות מילאו חלק ניכר מהיממה והנזירים לא היו יכולים יותר לפרנס את עצמם מיגיע כפיהם. גיום שחשב על כך, העניק למנזר אדמות שיבטיחו הכנסה מאריסות.
המקום שנבחר היה אחוזת ציד במחוז סון ולואר בחבל בורגון שבמזרח צרפת, כ-20 ק"מ מצפון-מערב למקון. חלק מתנאי ההקצאה של הנחלה היו הכפפת המנזר למרות האפיפיור (באותה עת כיהן האפיפיור סרגיוס השלישי). המנזר שאימץ את רוב עקרונות תקנון בנדיקטוס של בנדיקטוס מנורסיה כולל התאמות שנעשו על ידי בנדיקטוס מאניאן הפך במהרה לאבן שואבת לפרחי נזורה ששאפו לחיי מנזר טהורים.
מטרת ראשי המנזר הייתה להחזיר את הנזירים אל אלוהים בדרך שאותה הבינו ויכלו לקבל. כחלק מהרצון לרפורמה דתית התנגדו לשתי תופעות שהיו מקובלות בכנסייה של ימיהם: ניקולאיזם וסימוניטים.
המנזר של קלוני בחר לעצמו כפטרון את פטרוס. כאשר התרחבה התנועה הפך פטרוס לפטרונם של כל המנזרים בתנועת קלוני.
מנזר קלוני נבנה מספר פעמים באותו מקום, בפעם השנייה שבנוהו התוכנית הייתה דומה מאד לתוכנית מנזר סנט גאלן. את הכנסייה הציבו קרוב למרכז ולידה מגורי הנזירים והסקריפטיום. מצידו של הסקריפטיום היה הקלויסטר ולצידו המחסנים, בהמשך היו חדר האוכל והמטבח. לא היו סדנאות או אסמים כי על פי גישת מייסדי קלוני הנזירים היו אמורים לעשות רק עבודת כפיים סמלית ואת זמנם היו צריכים להקדיש לתפילה.
הכנסייה הייתה במרכז, לא רק מבחינה ארכיטקטונית אלא גם מבחינה מהותית. בגלל ריבוי התפילות חלק ניכר מזמנם של הנזירים התנהל בה.
הכנסייה השנייה שנבנתה במנזר הייתה מפוארת יחסית לכנסיות מנזרים אחרים. מנזרי קלוני אחרים העתיקו את הפאר של הכנסייה וכנסיות אלו נחשבו מהמפוארות בעולם של אותה תקופה.
בכנסייה שנבנתה במאה ה-11 בסגנון האדריכלות הרומנסקית היו קישוטי מתכות אצילות ואבנים טובות על הצלבים ותיבות שרידי הקדושים. וכן קישוטי טיח רבים. באותה תקופה חיו במנזר כ-300 נזירים.
כאב המנזר הראשון מונה הנזיר הוותיק ברנו (הקדוש ברנו מקלוני), הוא כיהן בתפקידו כ-15 שנה (910-925). ברנו, בן למשפחת אריסטוקרטיה, נולד ב-860. נכנס למנזר באוטן וממנו נשלח ב-886 למנזר בום על מנת לנהלו ולתקן את הקילקולים שפשו בו. ב-890 ייסד מנזר על אדמות נחלתו בגיגני ועמד בראשו. במהרה ייסד שני מנזרים נוספים. כאשר גיום החליט להקים את מנזר קלוני הוא הציע לברנו לעמוד בראשו וברנו הסכים.
ברנו היה זה שהכתיב לנזירים לנהוג לפי תקנון בנדיקטוס, כפי שתוקן על ידי בנדיקטוס מאניאן.
ברנו בחר באודו כיורשו. עצם העצמאות של המנזר איפשרה לאבות המנזר לבחור יורשים ראויים, ואלו היו מנהלים טובים שידעו לנהל את תנועת קלוני והצלחתם יחד עם כתב ההענקה של מנזר קלוני והקשר המיוחד עם האפיפיורות מנעו התערבות מבחוץ.