הגנים הבוטניים של ברוקלין (באנגלית: Brooklyn Botanic Gardens) הוקמו בשנת 1910 וממוקמים בקצה הצפון מזרחי של פארק פרוספקט ברובע ברוקלין בעיר ניו יורק, במדינת ניו יורק שבארצות הברית.
הגנים נחשבים לאחד מהגנים הבוטניים הטובים ביותר בארצות הברית. בעיר ניו יורק גנים בוטניים נוספים - הגנים הבוטניים של ניו יורק הנמצאים ברובע ברונקס.
בשנת 2005 החל פרויקט לשיקום ושיפוץ הגן.
הגנים כוללים אזור של עצי דובדבן, גן ורדים ששטחו 4,000 מ"ר, גן יפני, גן סלעים, אוסף עצי בונסאי, וכן גן ריחות לעיוורים.
גן הוורדים על שם קנפורד נפתח ביוני 1928. הגן תוכנן על ידי האדריכלים הסביבתיים הארולד קאפרן ומונטגיו פרי, שהיה הבוטנאי של הגנים הבוטניים. בעת הקמתו היו מוצגים בגן למעלה מ-650 זני ורדים. כיום מוצגים בגן 1,200 זנים ו-5,000 שיחי ורדים.
בגן עצי הדובדבן למעלה מ-200 עצי דובדבן מ-42 זנים שונים. העצים נשתלו בגנים הבוטניים לאחר מלחמת העולם הראשונה והיו מתנה מממשלת יפן. בכל שנה באביב, בזמן שהעצים פורחים נערך בגן פסטיבל "סאקורה מטסוקי".
הגן היפני תוכנן על ידי אדריכל הנוף היפני טאיקאו שיוטה. הגן נפתח לקהל בשנת 1915, וכולל מקדש שינטו קטן, אגם קרפיונים, בית תה יפני, מפל ואי קטן.
הגן השייקספירי הוא גן אנגלי המציג צמחים המוזכרים במחזותיו ושיריו של ויליאם שייקספיר. בגן 80 זני צמחים ופרחים המוזכרים ביצירותיו של שייקספיר.
לצד הגן השייקספירי נמצא גן הריחות המיועד לעיוורים. הגן כולל שילוט בכתב ברייל המציג מיגע אודות הצמחים השונים, והמבקרים מתבקשים לגעת בעלים השונים. לגן הריחות ארבעה חלקים:
הגן נגיש לנכים, וכל הצמחים בגובה המתאים לגישה לאנשים בכיסאות גלגלים. מזרקה עם מים נקיים מאפשרת שטיפת הידיים לאחר המגע בצמחים.