ספריית הוותיקן (בלטינית Bibliotheca Apostolica Vaticana), היא הספרייה של הכס הקדוש הממוקמת בקריית הוותיקן. זו אחת מהספריות העתיקות בעולם, המכילה את אחד האוספים המשמעותיים של טקסטים היסטוריים.
מומחים מחלקים את היסטוריית הספרייה האפיפיורית לחמישה חלקים:
האפיפיור ניקולאס החמישי ייסד את הספרייה בוותיקן בשנת 1448, על ידי שילוב של 350 מצחפים יווניים, לטינים ועבריים, אותם ירש מאבותיו, עם האוסף הפרטי שלו ורכישות גדולות נוספות, ביניהם של כתבי יד מהספרייה הקיסרית של קונסטנטינופול.
כאשר הספרן הראשון של ספריית הוותיקן עשה רשימה של הספרים בשנת 1481, הספרייה החזיקה בערך 3,500 פריטים, מספר שמשמעותו היא שהספרייה הייתה הגדולה ביותר בעולם המערבי באותה תקופה. בערך בשנת 1587, הפקיד האפיפיור סיקטוס החמישי בידי האדריכל דומיניקו פונטנה, תכנון של מבנה חדש לספרייה, אשר נמצא בשימוש עד היום. הספרים הוצגו על מדפים, אלהם היו כבולים.
ספריית הוותיקן הועשרה בכמה רכישות וירושות במהלך השנים. ב-1623, ספריית רוזנות היידלברג , שהכילה כ-3,500 כתבי יד, נתרמה לספריית הוותיקן על ידי מקסימילייס הראשון, דוכס בוואריה, בתודה לתמרון הפוליטי החכם שעשה האפיפיור גרגורי החמש עשרה, שתמך בו בהתמודדותו מול מועמדים פרוטסטנטים על מושב בבית הנבחרים. 39 מתוך כתבי היד של היידלברג נשלחו לפריז ב-1797, והוחזרו להיידלברג ב-1815. בנוסף ניתנה על ידי האפיפיור פיאוס השביעי מתנה של 852 כתבי יד נוספים בשנת 1816. מלבד אלה, כל שאר 2,609 כתבי היד של הרוזנות נמצאים בספריית הוותיקן עד היום.
ב-1657, כתבי יד של דוכסות אובינו שבאיטליה נרכשו על ידי הספרייה. כריסטינה מלכת שבדיה הסכימה לכך שספרייתה, שהייתה בעצם הספרייה השבדית המלכותית דאז, תהיה לחלק מספריית הוותיקן במותה ב-1689.
כיום, הספרייה מונה 75,000 כתבי יד לערך, ומעל ל-1.1 מיליון ספרים מודפסים, הכוללים בתוכם גם כ-8,500 אינקונבולה. ניתן גם לציין שלספריית הוותיקן יש כיום 803 כתבי יד עבריים עתיקים . הארכיונים הסודיים של הוותיקן הופרדו מהספרייה בתחילת המאה ה-17 וכוללים 1500 כותרים.
בין הפריטים המפורסמים ביותר של ספריית הוותיקן נמנה הקודקס וטיקנוס (Codex Vaticanus, תרגום חופשי - מצחף הוותיקן), התנ"ך העתיק ביותר המוכר לנו כיום. הספר ההיסטוריה העתיקה של פרוקופיוס נמצא בספרייה ופורסם בשנת 1623.
מיתוס נפוץ הוא שספריית הוותיקן מחזיקה באוסף הפורנוגרפיה הגדול בעולם. טענה זו אינה נכונה. לספרייה יש מעט מאוד חומרים פורנוגרפים, רובם בתיקיית העתקים של העבודה על רשימת הספרים האסורים. ישנם גם מעט מאוד יצירות אומנות ארוטיות, אך פחות אף מזה מאז תקופת הרנסאנס.
ספריית הוותיקן היא ספרייה עיונית בנושאים כמו היסטוריה, חוק, פילוסופיה ותאולוגיה. הספרייה פתוחה לכל אחד המסוגל להראות את סגולותיו ולהסביר את הצורך המחקרי שלו להשתמש באוסף.